Juan E. Castañeda se licenció y doctoró en Economía por la Universidad Autónoma de Madrid en 1997 y 2003, respectivamente. Su tesis doctoral, centrada en el análisis de la estrategia monetaria del Banco Central Europeo, recibió el accésit del Premio Víctor Mendoza del IEE. Ha sido profesor en la UNED desde 1998 hasta 2012 e investigador visitante en la Cass Business School (City London University, Londres) durante el curso 2004-2005. Asimismo, ha realizado trabajos de investigación para el Instituto de Estudios Fiscales y el Banco de España, a través de la concesión de varios proyectos de investigación.

Se ha especializado en el estudio de los bancos centrales y de sus reglas de política monetaria. Ha colaborado en la elaboración de los informes trimestrales del llamado «diálogo monetario» entre el Parlamento Europeo y el BCE entre los años 2007 y 2008. Asimismo, escribe desde 2011 en el diario Expansión y publica artículos de moneda y banca central en el diario digital Oro y Finanzas y Gold Money. Es desde julio de 2012 profesor de Economía de la Universidad de Buckingham en el Reino Unido.